İstemle Yönlendirilen Segmentasyon

Ne yapar

İstemle Yönlendirilen Segmentasyon, herhangi bir tıbbi görüntüde yapıların sınırlarını çizer. Bir 2D görüntüde, bir BT veya MR hacminin bir kesitinde ya da bir ultrason veya endoskopi videosunun bir karesinde bir lezyonun içine tıklayın, bir kutu çizin, karalayın veya kement (lasso) ile çevreleyin; çalıştırma bir maske döndürür ve her ek tıklama onu iyileştirir. Yalın model kimliği bu etkileşimli aracı çalıştırır.

Maskeden alanı veya hacmi ölçer; maske yayılımı bölümü ise bir karede veya kesitte çizilen maskeyi klibin, sine klibin veya hacmin tamamı boyunca taşır. İki ilgili araç tıklamasız durumları kapsar: bir yapıyı metinle adlandırın ("liver", "left kidney cyst", "pleural effusion") ya da modalitenin desteklediği her yapıyı tek geçişte etiketleyin.

Kullanım amacı

Ayrı bir MedRun modelinin uygulanmadığı veya ayrı bir modelin maskesinin düzeltilmesi gereken durumlarda yapıları işaretlemek, ölçmek ve düzeltmek için genel bir araç. Bir radyolog bir lezyonu iki tıklamayla çizer ve hacmini okur; bir araştırmacı bir BT kohortundaki her organı segmente eder; bir geliştirici bir maskeyi ultrason klibi boyunca yayar. Tıklamalardan çizilen bir maske, kullanıcının verdiği etiketi taşır.

Kimler için

Veri setleri ve ölçüm iş akışları kuran geliştiriciler ve araştırmacılar, yapıları ölçen veya düzelten radyologlar ve diğer hekimler ve BT ile MR'dan volümetri veya 3D modeller üreten ekipler.

Kabul edilen girdiler

• Görüntüler: BT, MR ve PET hacimleri, ultrason, anjiyografi ve endoskopi sine kayıtları, radyografiler ve fotoğraflar dahil MedRun'ın kabul ettiği herhangi bir seri; ayrıca NIfTI-1/2, NRRD, PNG, JPEG ve MP4.
• İstemler: bir 2D görüntü, kesit veya video karesi üzerinde pozitif ve negatif noktalar, kutular, karalamalar veya kement.
• Referans maske (isteğe bağlı): iyileştirilecek veya yayılacak mevcut bir DICOM SEG ya da NIfTI maske.

Gereksinimler

Gereksinim	Neden
3D hacimlerde tutarlı kesit aralığı	Milimetre cinsinden hacimler ve kesitler arası yayılım
Çağrı başına yaklaşık 1.000 kesite kadar	Daha büyük seriler ilgili vücut bölgesine kırpılır
Birkaç dakikaya kadar video	Yayılım klibin her karesi boyunca çalışır
Etkileşimli araç için en az bir istem	Maske, kullanıcının tıkladığı veya çizdiği yere göre tanımlanır

Modalite seriden tanınır ve modaliteye özgü normalizasyon uygulanır: BT için Hounsfield pencereleri, MR için yoğunluk normalizasyonu, ultrason ve endoskopi için renk işleme.

İsteğe bağlı bağlam

İsteme yapı için bir etiket ("right adrenal nodule") eklenebilir; böylece maske ve ölçümü sonuçta adlandırılır.

Sonuç

Bölüm	İçerik
Maske ve ölçümler	Her istemle iyileştirilen, alan (2D) veya hacim (3D) ile istem maskesi
Maske yayılımı	Bir kare veya kesitteki maskenin video, sine klip veya hacim boyunca çok kareli maske olarak taşınması

İstemler sonuçla birlikte geri döndürülür; böylece bir maske daha sonra aynı tıklamalardan yeniden üretilebilir veya iyileştirilebilir.

Standartlar

• DICOM: SNOMED CT segment kategori ve tip kodlarıyla Segmentation Storage ve Label Map Segmentation Storage; istek üzerine RTSTRUCT; hacimler için SR TID 1500; kaynak görüntüler üzerinde bindirmeler için GSPS.
• Diğer biçimler: analiz iş akışları için NIfTI-1/2 maskeler; measurements[] ve maske referansları içeren JSON.
• Terminoloji: adlandırılmış yapılar için SNOMED CT ve RadLex.

İstem ipuçları

X-ışını anjiyografisinde kutular yerine tıklamalarla istem verin. Komşu bir yapıya taşmayı kesmek için negatif bir tıklama ekleyin.

İlgili araçlar

• universal/segment/text: SNOMED CT kodlarıyla DICOM SEG içinde, bir varlık skoruyla, metin isteminden adlandırılmış hedef başına bir maske.
• universal/segment/everything: tespit edilen modalite için bilinen organların, kemiklerin ve damarların otomatik etiket haritası, SR TID 1500 içinde yapı başına hacimlerle.