Ferramentas DICOM

O que faz

As Ferramentas DICOM são os utilitários de arquivos por trás de todo envio ao MedRun, disponíveis como execuções próprias. Elas respondem às perguntas práticas que vêm antes e depois de qualquer análise: o que há neste CD, quais séries pertencem ao mesmo conjunto, este objeto pode ser aberto em outro sistema e este arquivo DICOM está bem formado.

Três ferramentas compõem o modelo. Inspect, a padrão, lê arquivos, zips ou um DICOMDIR e retorna um manifesto de estudos, séries e instâncias. Convert transforma DICOM em formatos de análise e visualização e vice-versa. Validate verifica um objeto DICOM em relação ao padrão e lista o que está errado nele.

Uso previsto

Apoio técnico para quem move dados de imagem entre sistemas: verificar o CD de um paciente antes de lê-lo, preparar volumes NIfTI e mapas de rótulos para treinamento e análise, produzir prévias MP4 de aquisições cine e verificar se uma segmentação ou um laudo estruturado é aceito por um PACS antes do envio. Essas ferramentas não interpretam imagens.

Para quem é

Técnicos e tecnólogos em radiologia, administradores de PACS, pesquisadores de imagem e cientistas de dados, e desenvolvedores que integram o MedRun aos seus próprios sistemas e precisam ver um estudo como o MedRun o vê.

Entradas aceitas

• DICOM: arquivos Part 10, objetos multiframe, zips e exportações de CD ou DVD com DICOMDIR.
• Objetos derivados: objetos Segmentation (SEG), RT Structure Set (RTSTRUCT) e Structured Report (SR) para conversão ou validação.
• Outros formatos para conversão: volumes NIfTI-1/2, NRRD e MHA, exportações cine MP4 e AVI, imagens PNG, JPEG e HEIC, e PDF.

Dados de pixel comprimidos nas transfer syntaxes JPEG, JPEG-LS, JPEG 2000 e HTJ2K são decodificados; imagens MONOCHROME1 são invertidas e o Rescale Slope e Intercept é aplicado antes da conversão.

O que o inspect lê

Item	Motivo
Study e Series Instance UIDs	Agrupa as instâncias em estudos e séries
Instâncias SOP idênticas byte a byte e repetidas	Duplicatas em exportações de CD são listadas e ignoradas
Transfer syntax e estrutura multiframe	Mostra como cada objeto está codificado
Espaçamento, orientação, taxa de quadros e calibração	A geometria e a temporização de que os modelos dependem
Atributo de anotação gravada na imagem, campos de texto livre e tags privadas	Mostra quais arquivos trazem texto nos pixels ou elementos de dados específicos do fabricante

Contexto opcional

Na conversão, o formato de destino (por exemplo, NIfTI com sidecars BIDS, PNG ou MP4) é escolhido em options.

O resultado

Cada ferramenta retorna o seu próprio resultado. A execução padrão retorna o manifesto de inspeção.

Ferramenta	Conteúdo
Inspect (padrão)	Manifesto do estudo: estudos, séries, instâncias, duplicatas, transfer syntaxes, detalhes multiframe, geometria e temporização
Convert	DICOM para NIfTI, NRRD, PNG ou MP4; SEG e RTSTRUCT para e a partir de mapas de rótulos NIfTI; transcodificação de transfer syntax; cine para prévia MP4
Validate	Relatório de validação: atributos Type 1 e Type 2 ausentes, value representations incorretas, UIDs inválidos, erros de template de SEG e SR

Padrões

• Manifesto: modelo DICOM JSON (PS3.18), a mesma representação usada pelo DICOMweb.
• Destinos de conversão: NIfTI-1/2 com sidecars BIDS 1.11; DICOM Segmentation Storage e Label Map Segmentation Storage; RTSTRUCT; MP4 (H.264).
• Regras de validação: tabelas de módulos de IOD da PS3.3 (atributos Type 1, 2 e 3) e restrições de templates SR da PS3.16.
• Intercâmbio: DICOMweb QIDO-RS, WADO-RS e STOW-RS (PS3.18).

Ferramentas relacionadas

• utils/dicom/inspect: manifesto do estudo de qualquer envio; a execução padrão deste modelo.
• utils/dicom/convert: conversão de formato de imagens, aquisições cine e segmentações.
• utils/dicom/validate: relatório de validação de um objeto DICOM, enviado ou produzido pelo MedRun.

Os arquivos são lidos como enviados, e nada nos arquivos de origem é alterado.