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Herramientas DICOM

Inspección de un estudio DICOM, conversión a NIfTI, PNG o MP4 y validación de objetos DICOM.

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Descripción general

Qué hace

El modelo Herramientas DICOM reúne las utilidades de archivos que hay detrás de cada carga en MedRun, disponibles como ejecuciones propias. Responden a las preguntas prácticas que surgen antes y después de cualquier análisis: qué hay en este CD, qué series van juntas, si este objeto puede abrirse en otro sistema y si este archivo DICOM está bien formado.

Tres herramientas componen el modelo. Inspect, la predeterminada, lee archivos, archivos zip o un DICOMDIR y devuelve un manifiesto de estudios, series e instancias. Convert convierte DICOM a formatos de análisis y visualización, y viceversa. Validate comprueba un objeto DICOM frente al estándar y enumera lo que está mal en él.

Uso previsto

Apoyo técnico para cualquiera que mueva datos de imagen entre sistemas: revisar un CD del paciente antes de analizarlo, preparar volúmenes y mapas de etiquetas NIfTI para entrenamiento y análisis, generar vistas previas MP4 de clips de cine y comprobar que una segmentación o un informe estructurado será aceptado por un PACS antes de enviarlo. Estas herramientas no interpretan imágenes.

A quién va dirigido

Técnicos de radiología, administradores de PACS, investigadores en imagen y científicos de datos, y desarrolladores que integran MedRun en sus propios sistemas y necesitan ver un estudio tal como lo ve MedRun.

Entradas y protocolo

Entradas admitidas

DICOM: archivos Part 10, objetos multiframe, archivos zip y exportaciones de CD o DVD con DICOMDIR.
Objetos derivados: objetos Segmentation (SEG), RT Structure Set (RTSTRUCT) y Structured Report (SR) para conversión o validación.
Otros formatos para conversión: volúmenes NIfTI-1/2, NRRD y MHA, exportaciones de cine MP4 y AVI, imágenes PNG, JPEG y HEIC, y PDF.

Los datos de píxel comprimidos con las transfer syntaxes JPEG, JPEG-LS, JPEG 2000 y HTJ2K se decodifican; las imágenes MONOCHROME1 se invierten y se aplican la pendiente y la intersección de reescalado antes de la conversión.

Qué lee la inspección

Elemento	Motivo
Study y Series Instance UIDs	Agrupa las instancias en estudios y series
Instancias SOP idénticas byte a byte y repetidas	Los duplicados de las exportaciones de CD se enumeran y se omiten
Transfer syntax y estructura multiframe	Muestra cómo está codificado cada objeto
Espaciado, orientación, frecuencia de fotogramas y calibración	La geometría y la temporización de las que dependen los modelos
Atributo de anotación incrustada, campos de texto libre y etiquetas privadas	Muestra qué archivos llevan texto en los píxeles o elementos de datos específicos del fabricante

Contexto opcional

Para la conversión, el formato de destino (por ejemplo NIfTI con archivos auxiliares BIDS, PNG o MP4) se elige en options.

Resultados y estándares

El resultado

Cada herramienta devuelve su propio resultado. La ejecución predeterminada devuelve el manifiesto de inspección.

Herramienta	Contenido
Inspect (predeterminada)	Manifiesto del estudio: estudios, series, instancias, duplicados, transfer syntaxes, detalles multiframe, geometría y temporización
Convert	DICOM a NIfTI, NRRD, PNG o MP4; SEG y RTSTRUCT a y desde mapas de etiquetas NIfTI; transcodificación de transfer syntax; cine a vista previa MP4
Validate	Informe de validación: atributos de Type 1 y Type 2 ausentes, representaciones de valor (VR) erróneas, UID no válidos, errores de plantilla en SEG y SR

Estándares

Manifiesto: DICOM JSON model (PS3.18), la misma representación que usa DICOMweb.
Destinos de conversión: NIfTI-1/2 con archivos auxiliares BIDS 1.11; DICOM Segmentation Storage y Label Map Segmentation Storage; RTSTRUCT; MP4 (H.264).
Reglas de validación: tablas de módulos de los IOD de PS3.3 (atributos de Type 1, 2 y 3) y restricciones de las plantillas SR de PS3.16.
Intercambio: DICOMweb QIDO-RS, WADO-RS y STOW-RS (PS3.18).

Herramientas relacionadas

utils/dicom/inspect: manifiesto del estudio de cualquier carga; la ejecución predeterminada de este modelo.
utils/dicom/convert: conversión de formato de imágenes, clips de cine y segmentaciones.
utils/dicom/validate: informe de validación de un objeto DICOM, cargado o generado por MedRun.

Los archivos se leen tal como se cargan, y no se modifica nada en los archivos de origen.