DICOM Araçları

Ne yapar

DICOM Araçları, her MedRun yüklemesinin arkasındaki dosya yardımcı araçlarıdır ve kendi başlarına çalıştırmalar olarak kullanılabilir. Herhangi bir analizden önce ve sonra gelen pratik soruları yanıtlarlar: bu CD'de ne var, hangi seriler birbirine ait, bu nesne başka bir yerde açılabilir mi ve bu DICOM dosyası doğru biçimlendirilmiş mi.

Model üç araçtan oluşur. Varsayılan araç olan Inspect, dosyaları, zip arşivlerini veya bir DICOMDIR'i okur ve incelemelerin, serilerin ve örneklerin bir manifestini döndürür. Convert, DICOM'u analiz ve görüntüleme biçimlerine ve geri dönüştürür. Validate, bir DICOM nesnesini standarda göre kontrol eder ve içindeki hataları listeler.

Kullanım amacı

Görüntüleme verisini sistemler arasında taşıyan herkes için teknik destek: bir hasta CD'sini değerlendirmeden önce kontrol etmek, eğitim ve analiz için NIfTI hacimleri ve etiket haritaları hazırlamak, sine kliplerin MP4 önizlemelerini üretmek ve bir segmentasyonun veya yapılandırılmış raporun gönderilmeden önce PACS tarafından kabul edildiğini kontrol etmek. Bu araçlar görüntüleri yorumlamaz.

Kimler için

Radyoloji teknikerleri, PACS yöneticileri, görüntüleme araştırmacıları ve veri bilimciler ile MedRun'ı kendi sistemlerine entegre eden ve bir incelemeyi MedRun'ın gördüğü şekilde görmesi gereken geliştiriciler.

Kabul edilen girdiler

• DICOM: Part 10 dosyaları, çok kareli nesneler, zip arşivleri ve DICOMDIR içeren CD veya DVD dışa aktarımları.
• Türetilmiş nesneler: dönüştürme veya doğrulama için Segmentation (SEG), RT Structure Set (RTSTRUCT) ve Structured Report (SR) nesneleri.
• Dönüştürme için diğer biçimler: NIfTI-1/2, NRRD ve MHA hacimleri, MP4 ve AVI sine dışa aktarımları, PNG, JPEG ve HEIC görüntüler ve PDF.

JPEG, JPEG-LS, JPEG 2000 ve HTJ2K transfer syntax'larındaki sıkıştırılmış piksel verisi çözülür; dönüştürmeden önce MONOCHROME1 görüntüler ters çevrilir ve rescale slope ile intercept uygulanır.

Inspect aracının okudukları

Öğe	Neden
Study ve Series Instance UID'leri	Örnekleri incelemelere ve serilere gruplar
Bayt düzeyinde aynı ve tekrarlanan SOP örnekleri	CD dışa aktarımlarındaki kopyalar listelenir ve atlanır
Transfer syntax ve çok kareli düzen	Her nesnenin nasıl kodlandığını gösterir
Aralık, oryantasyon, kare hızı ve kalibrasyon	Modellerin dayandığı geometri ve zamanlama
Burned-in annotation özniteliği, serbest metin alanları ve private tag'ler	Hangi dosyaların pikselde metin veya üreticiye özgü veri öğeleri taşıdığını gösterir

İsteğe bağlı bağlam

Dönüştürme için hedef biçim (örneğin BIDS sidecar dosyalarıyla NIfTI, PNG veya MP4) options içinde seçilir.

Sonuç

Her araç kendi sonucunu döndürür. Varsayılan çalıştırma inceleme manifestini döndürür.

Araç	İçerik
Inspect (varsayılan)	İnceleme manifesti: incelemeler, seriler, örnekler, kopyalar, transfer syntax'lar, çok kareli ayrıntılar, geometri ve zamanlama
Convert	DICOM'dan NIfTI, NRRD, PNG veya MP4'e; SEG ve RTSTRUCT'tan NIfTI etiket haritalarına ve tersi; transfer syntax dönüştürme; sine klipten MP4 önizleme
Validate	Doğrulama raporu: eksik Type 1 ve Type 2 öznitelikleri, yanlış değer temsilleri (VR), geçersiz UID'ler, SEG ve SR şablon hataları

Standartlar

• Manifest: DICOMweb'in kullandığı gösterimle aynı olan DICOM JSON modeli (PS3.18).
• Dönüştürme hedefleri: BIDS 1.11 sidecar dosyalarıyla NIfTI-1/2; DICOM Segmentation Storage ve Label Map Segmentation Storage; RTSTRUCT; MP4 (H.264).
• Doğrulama kuralları: PS3.3 IOD modül tabloları (Type 1, 2 ve 3 öznitelikleri) ve PS3.16 SR şablon kısıtları.
• Veri alışverişi: DICOMweb QIDO-RS, WADO-RS ve STOW-RS (PS3.18).

İlgili araçlar

• utils/dicom/inspect: herhangi bir yüklemenin inceleme manifesti; bu modelin varsayılan çalıştırması.
• utils/dicom/convert: görüntülerin, sine kliplerin ve segmentasyonların biçim dönüştürmesi.
• utils/dicom/validate: yüklenmiş veya MedRun tarafından üretilmiş bir DICOM nesnesi için doğrulama raporu.

Dosyalar yüklendiği haliyle okunur ve kaynak dosyalarda hiçbir şey değiştirilmez.