Organdan Bağımsız H&E Lam Analizi

Ne yapar

Organdan Bağımsız H&E Lam Analizi, herhangi bir organa ait tek bir H&E tüm lam görüntüsünü değerlendirir. Kütüphanedeki genel amaçlı lam değerlendirmesidir: organa özgü bir model uymadığında ya da tanı yerine lam düzeyinde ölçümlere ihtiyaç duyulduğunda kullanılır.

Çalıştırma önce taramayı kontrol eder: doku maskesi, artefaktlar (bulanıklık, katlanmalar, kalem işaretleri, hava kabarcıkları, yırtıklar) ve bir yeterlilik kararı. Ardından lam boyunca tümör olasılığını haritalar, dokuyu kompartmanlara (tümör, stroma, inflamasyon, nekroz, diğer) ayırır, her çekirdeği segmente edip sınıflar ve 2 mm²'lik sıcak bölgedeki sayımla birlikte mitotik figürleri bulur. Bir metastaz veya primeri bilinmeyen kanser için olası tümör tipini ve primer odağı sıralar. Geliştiriciler için karo (tile) ve lam embedding'leri sonuçla birlikte gelir.

Kullanım amacı

Karar desteği ve ölçüm. Sonuç lamda ne olduğunu tanımlar; primer odak sıralaması bir metastaz için immünohistokimya seçimine yol gösterir. Nadir antiteler ve lenfomalar, organdan bağımsız bir tümör haritası için zor olgulardır.

Kimler için

Kökeni bilinmeyen bir metastazı araştıran patologlar, raporlama öncesinde otomatik tarama kalite kontrolü isteyen laboratuvarlar ve API üzerinden lam ölçeğinde çekirdek, mitoz ve embedding çıktılarına ihtiyaç duyan araştırmacılar ve geliştiriciler.

Kabul edilen girdiler

• Çalıştırma başına bir H&E lamı: biyopsi veya rezeksiyon, herhangi bir organ.
• Biçimler: DICOM VL Whole Slide Microscopy Image (karolu çok kareli piramit) veya yükleme sırasında dönüştürülen bir üretici dosyası (SVS, NDPI, MRXS, iSyntax, SCN, BIF, CZI, TIFF/OME-TIFF).
• Boyut: 0,5–5 GB büyüklüğünde gigapiksel lamlar beklenir.

Gereksinimler

Gereksinim	Neden
H&E boyası	İHK, sitoloji ve hematoloji lamları diğer modellere aittir
µm/px cinsinden piksel aralığı	mm² cinsinden alanlar, mm² başına yoğunluklar ve 2 mm²'lik mitoz alanı buna bağlıdır
20× veya 40× tarama	Çekirdekler ve mitozlar taramanın özgün büyütmesinde değerlendirilir
Üst veride görüntülenen alan ve piksel matrisi	Haritaları ve işaretlemeleri piramide yerleştirmek için gereklidir

İsteğe bağlı bağlam

Organ, spesmen türü ve klinik soru clinical_context alanında iletilebilir. Bilinen bir organ tanımı daraltır; sonucu organa özgü bir tanıya dönüştürmez.

Sonuç

Bölüm	İçerik
Lam kalitesi	Doku maskesi, artefakt haritası ve tarama yeterliliği kararı
Tümör tespiti	Tümör olasılığı ısı haritası ve tümör bölgeleri
Primer odak	Bir metastaz veya primeri bilinmeyen kanser için sıralı tümör tipleri ve olası primer odaklar
Doku kompartmanları	Alan oranlarıyla tümör, stroma, inflamasyon, nekroz ve diğer doku haritası
Çekirdekler	mm² başına yoğunluklarla neoplastik, inflamatuvar, bağ dokusu, ölü (apoptotik veya nekrotik) veya epitelyal olarak sınıflanmış nesne (instance) maskeleri
Mitoz sayısı	Tipik ve atipik mitotik figürler ve 2 mm²'lik sıcak bölgedeki sayı
Embedding	safetensors veya HDF5 dizileri olarak koordinatlı karo embedding'leri ve bir lam embedding'i
Taslak rapor	İsteğe bağlı (options.report): sonucu raporlayan hekim için yorumlayan İngilizce bir anlatı metni (bulgular, kanaat, kısıtlılıklar); her sayı bulgularla karşılaştırılarak denetlenir

Standartlar

• DICOM: tümör ısı haritası Parametric Map olarak; doku ve tümör bölgeleri Label Map Segmentation dahil Segmentation olarak; çekirdekler ve mitozlar Microscopy Bulk Simple Annotations olarak; ölçümler SR TID 1500 içinde; Encapsulated PDF.
• Sayım: WHO Classification of Tumours 5. baskı kuralına göre 2 mm² başına mitoz.
• Kodlama: morfoloji ve topografi için SNOMED CT ve ICD-O-3; Observation kayıtlarıyla FHIR R4 DiagnosticReport.

Geliştiriciler için embedding

Embedding dizileri, görüntüyü yeniden okumadan lam araması, kohort analitiği ve kendi lam sınıflayıcılarınızın eğitimini destekler. Her dizi, karo koordinatlarını ve hesaplandığı kodlayıcı sürümünü taşır.